Na Idade Média esboçaram-se indícios de algumas posições atéias, mas a organização política e social impediu que ganhassem formulação explícita. Foram as novas concepções do Renascimento, com seus interesses antropocêntricos, sua volta à avaliação de todas as coisas segundo a medida do homem, seu paganismo cultural, sua descoberta da natureza e do método científico, que diluíram a concepção teológica medieval e orientaram numerosos pensadores para o materialismo, o panteísmo ou o deísmo -- e da relação das duas últimas doutrinas com o ateísmo trataremos adiante.

Assim, entre os séculos XV e XVI, o italiano Pietro Pomponazzi negou a imortalidade da alma e, veladamente, a existência de Deus. Seu compatriota Maquiavel separou a política da religião e considerou esta última um instrumento do poder: Roma deve mais a Numa Pompílio, que lhe deu os primeiros regulamentos religiosos, do que a seu próprio fundador, Rômulo. Outro italiano, Giordano Bruno, foi queimado na fogueira em 1600, acusado de ateu por suas teses panteístas, nas quais identificava Deus com a unicidade infinita. No século seguinte, o judeu holandês Baruch de Spinoza foi acusado de ateísmo por assemelhar Deus à substância.