A partir de meados do século XIX, o ateísmo se tornou mais explícito e militante. O alemão Ludwig Feuerbach subverteu a dialética hegeliana, concedendo primazia à sensação frente à razão. Paralelamente, inverteu a relação Deus-homem. Não foi Deus que criou o homem a sua imagem e semelhança; foi o homem que projetou suas melhores qualidades sobre a tela do conceito de Deus.

Em suas teses sobre Feuerbach, Marx criticou o fato de que a filosofia se tivesse limitado a interpretar o mundo, em vez de tratar de modificá-lo. O estudo da história levou Marx à conclusão de que as estruturas sociais vão sendo construídas como muros protetores para evitar a mudança das relações de produção: a religião é o ópio, o consolo adormecedor do povo.

Nietzsche, sob uma postura mais existencialista, não proclamou a inexistência de Deus, mas sua morte nas mãos dos homens, o que provocaria uma mudança de valores que prepararia a chegada do super-homem.

Já no século XX, o ateísmo seria expressado das mais diversas formas. Para Freud, a religião é uma projeção simbólica do inconsciente, na qual Deus ocupa a imagem paterna. Para o positivismo lógico do círculo de Viena, as proposições "Deus existe" ou "Deus não existe" carecem de sentido e sobre elas não é possível emitir juízo algum. Para Jean-Paul Sartre, o ateísmo é um pressuposto existencial, necessário para preservar a liberdade humana.