Matéria pode ser definida intuitivamente como tudo aquilo capaz de ser captado ou apreendido por meio dos sentidos. O conceito científico é, de certo modo, uma extensão e um refinamento da noção intuitiva baseada nos sentidos: matéria é tudo aquilo cuja presença ou existência pode ser determinada por instrumentos de medida.

Filosoficamente, a interrogação sobre a constituição do universo sempre esteve ligada ao problema da inteligibilidade do mundo, ou à possibilidade de reduzir a princípios fixos uma realidade aparentemente variada e inconstante. Já na Grécia do século VII a.C., os filósofos jônios especulavam sobre quais seriam os componentes fundamentais de todas as coisas e seres: água, fogo, terra, ar, ou combinações desses elementos primordiais. Os eleatas, como Parmênides, negavam cabalmente a existência do mundo físico, considerando-o mera ilusão dos sentidos. O atomismo-- inaugurado por Demócrito no século IV a.C., mas que reapareceu sob diversas formas ao longo da história do pensamento -- afirmava que toda a realidade é constituída apenas por vazio e matéria, sendo esta composta de elementos mínimos ou indivisíveis (átomos) que se distinguem pela forma, ordem e posição: o eterno movimento e rearranjo dos átomos é que produziria a diversidade e as transformações.

A teoria proposta por Aristóteles, denominada hilomorfismo, consiste em distinguir dois princípios metafísicos que se combinam para determinar as coisas e seres do mundo físico. Toda transformação pressupõe a permanência de algo, e o que há de comum entre os dois termos de uma transformação é justamente a matéria. Ela é em si mesma indeterminada, uma possibilidade de existência que só se realiza quando submetida a um princípio atualizador, a forma.

Outras correntes filosóficas se interessavam por aspectos éticos ou religiosos ligados à interrogação sobre a matéria. O gnosticismo e o maniqueísmo associavam a matéria ao princípio do mal, e a escola neoplatônica de Alexandria (século III) a identificava à privação e à carência: um mal radical e insanável. A filosofia cristã, desde o início, produziu várias tentativas (como a de santo Agostinho, no século IV) de responder como o mundo material, aparentemente imperfeito e onde existe o mal, pode ser obra de um Criador infinitamente bom. A partir do século XIII, com a introdução das obras de Aristóteles na filosofia ocidental e sua adaptação ao cristianismo na filosofia de santo Tomás de Aquino, a matéria e o mundo natural passaram a ser considerados de um modo que não implicava contradição com a religião revelada.

A evolução da ciência moderna trouxe o abandono do modelo aristotélico em favor de uma investigação sobre a natureza física e os aspectos quantitativos mensuráveis do mundo sensível. A matéria deixou de ser definida metafisicamente e passou a ser entendida como o conjunto de elementos cujos movimentos e combinações podem ser conhecidos experimentalmente. Por três séculos, a concepção científica da matéria foi basicamente atomista, com hipóteses mecanicistas (explicação dos fenômenos naturais em termos de matéria e movimento, como na filosofia de Descartes), ou dinamistas (que afirmam a existência de forças irredutíveis à matéria e ao movimento, como para Leibniz).

No século XX, com a advento das teorias relativística e quântica, a física voltou a se deparar com questões que Aristóteles tentava responder. Sem recorrer a princípios ou entidades metafísicas, diferentemente de Aristóteles, a ciência ainda procura dar conta dos princípios intrínsecos e fundamentais que explicam as mudanças qualitativas do universo material.