John Duns Scotus nasceu em Duns, Escócia, por volta de 1266, e muito jovem ingressou na ordem franciscana. Estudou em Oxford e foi ordenado em 1291. Os últimos anos em Oxford foram dedicados à elaboração de suas "lições" sobre um texto clássico da época, as Sentenças de Pedro Lombardo, reunidas na Opus Oxoniense (Obra de Oxford), uma de suas obras monumentais.

Em 1302, foi nomeado professor de teologia na Universidade de Paris. Sua permanência ali coincidiu com o conflito entre o papa Bonifácio VIII e o rei da França, Filipe o Belo. Duns Scotus destacou-se entre os religiosos que se mantiveram fiéis ao pontífice e foi expulso da cidade por ordem do monarca. De volta a Paris sob o pontificado de Bento XI, iniciou um período de intenso trabalho intelectual, durante o qual se opôs às teses, em sua opinião demasiadamente aristotélicas, de outro grande mestre da escolástica, o dominicano santo Tomás de Aquino. Frente a este, Duns Scotus acentuava a diferença entre teologia e filosofia e considerava que a segunda por si só não podia encontrar soluções para problemas como a onipotência e infinitude de Deus e a imortalidade da alma. No Tractatus de primo principio, explicou o que o intelecto é capaz de conhecer sobre Deus e enfatizou a superioridade da vontade sobre a razão.

Duns Scotus transferiu-se para Colônia em 1307 e passou a ensinar na universidade local. Já se registrava alguma oposição a sua doutrina de que a Virgem Maria fora concebida sem pecado original, devido aos problemas que apresenta em relação à redenção universal de Cristo. A doutrina chegou a ser declarada herética pelos dominicanos. Duns Scotus ensinou em Colônia até sua morte, em 1308.