Ao longo de sua carreira, escreveu sobre filosofia, política, ciência e moralidade. Foi um defensor do empirismo e do método científico experimental. Acreditava que o conhecimento deveria ser obtido através da observação cuidadosa da natureza e da experimentação controlada. Em contraste com as abstrações metafísicas de seus contemporâneos que utilizavam o método aristotélico, Bacon enfatizava a importância da utilidade prática do conhecimento e da aplicação destas descobertas para melhorar a vida humana.
Pode-se afimar que Bacon defendia uma administração pública eficiente e justa, e cujas ideias políticas mais tarde moldariam o pensamento iluminista e a Revolução Científica. Apesar disso Francis Bacon enfrentou debates e críticas significativas de seus contemporâneos. Suas obras refletem um diálogo intelectual intenso com outros pensadores da época: Em "Novum Organum" de 1620, critica os métodos tradicionais de investigação científica e propôs um novo método indutivo baseado na observação sistemática e na experimentação, em contraste com o método dedutivo aristotélico predominante na época.
Seu projeto mais ambicioso também de 1620 é "A Grande Instauração" que buscava reformar e expandir o conhecimento humano por meio de métodos científicos. Nesta obra está incluso seu plano para uma enciclopédia do conhecimento, que chamou de "Instauratio Magna".
Além de suas contribuições intelectuais, Bacon teve uma carreira política influente. Ele ocupou vários cargos governamentais, incluindo procurador-geral e lord keeper do selo privado. Sua ascensão ao cargo de Lord Chancellor, no entanto, terminou em desgraça em 1621, quando foi acusado de corrupção e condenado. Apesar disso, seu legado intelectual perdurou e suas ideias sobre ciência e filosofia continuam a influenciar o pensamento moderno. Francis Bacon é lembrado como um dos grandes pensadores do Renascimento inglês.
Francis Bacon morreu em 9 de abril de 1626, em Highgate, Londres, sendo sepultado na Igreja de São Miguel, em St. Albans.