Dominados os primeiros séculos da Idade Média pela influência da patrística e do neoplatonismo, que conheceu singular reorganização na obra de Escoto Erígena, a partir do século XI começou a crescer o número de escolas que funcionavam em conventos e catedrais, núcleos das futuras universidades. Passou a predominar assim a escolástica, que se centralizou inicialmente em temas agostinianos e platônicos. A partir do final do século XII, manifestou-se um interesse crescente pela lógica e pela metafísica de Aristóteles, graças principalmente aos comentários e traduções de autores árabes, como Avicena e Averroés, e judeus, como Maimônides.

Essa tendência atingiu o ponto máximo no século seguinte, com pensadores como santo Alberto Magno e sobretudo santo Tomás de Aquino, principal artífice da adaptação dos conceitos aristotélicos à teologia cristã. O intelectualismo tomista, que preconizava a harmonia entre filosofia e teologia, se impôs, em linhas gerais e depois de grandes dificuldades, como doutrina dominante. Ao lado dele sobreviveram, profundamente arraigadas, tendências voluntaristas -- Duns Scotus, são Boaventura -- e místicas, que rejeitavam o tomismo pelo excessivo racionalismo.

Nos séculos XIV e XV surgiram as primeiras fendas na filosofia escolástica, que viu brotarem em seu interior as sementes que propiciariam a ascensão dos ideais renascentistas. Figuras paradigmáticas nesse sentido foram Guilherme de Occam e Nicolau de Cusa. O nominalismo de Occam, dirigido a demonstrar que as verdades reveladas pertenciam ao terreno da fé e careciam de demonstração racional, propiciou de fato uma renovação científica que terminaria com o abandono da física aristotélica. Cusa, ligando a Idade Média ao Renascimento, demonstrou como o estudo da natureza e do mundo pode servir de instrumento para a intuição da divindade.