No que diz respeito às ciências positivas - Matemática, Física, Química, Biologia - Aristóteles foi o primeiro a definir claramente sua condição de disciplinas autônomas, embora dependentes em última instância da filosofia como ciência dos princípios primeiros. Assim, no próprio sistema filosófico, Aristóteles empregou elementos extraídos das ciências para estabelecer a teoria da alma ou do intelecto agente, fundindo harmoniosamente esses elementos em sua concepção geral da realidade e do universo.

Essa ordenação, que favoreceu o progresso individual das diferentes disciplinas mas estabeleceu o caráter prioritário da filosofia, manteve-se até praticamente o Renascimento, quando os novos descobrimentos científicos romperam de modo definitivo a imagem aristotélica do cosmo. Durante os séculos XVII e XVIII, no entanto, ciência e filosofia mantiveram um curso paralelo e eminentes pensadores, como Descartes e Leibniz, foram ao mesmo tempo filósofos e cientistas.

Só no século XIX, com a progressiva especialização da ciência, aliada ao pensamento idealista e irracionalista que se firmava e às polêmicas em torno da validade da metafísica, começaram a se multiplicar as barreiras entre ciência e filosofia. Assim, embora a lógica e a epistemologia fossem instrumentos úteis para ambas, as escolas de tradição empirista e positivista passaram a considerar a filosofia como mera disciplina auxiliar ou, no máximo, organizadora dos dados proporcionados pelas ciências.

No pensamento contemporâneo, as relações entre filosofia e ciência são abordadas de acordo com duas grandes linhas. De um lado, as escolas como o vitalismo, o intuicionismo, e evolucionismos de diversos tipos, aspiram a coligir os descobrimentos científicos e, mediante reflexão sobre suas implicações, enquadrá-los em concepções gerais da realidade. De outro, a filosofia da ciência, disciplina de caráter essencialmente epistemológico, preocupa-se com questões como a análise crítica da metodologia, a estrutura lógica dos sistemas científicos, a elucidação e o esclarecimento dos conceitos e pressupostos básicos das ciências e a determinação dos limites e inter-relações das ciências entre si.

Ambas se guiam, de todo modo, por um interesse comum: o de estabelecer o ponto de união entre o pensamento científico e outras áreas do pensamento. Sabe-se que as atividades da ciência tendiam a ser consideradas como inabordáveis, tanto do ponto de vista metodológico como moral, a partir de critérios não-científicos. No entanto, a repercussão direta que muitas das conquistas da ciência tiveram sobre a vida das pessoas, radicalmente transformada por algumas delas, levou ao debate extra-científico de questões como o direito de fazer certas experiências.

O uso dado a algumas descobertas da física nuclear, da química e da biologia, e os progressos da engenharia genética são exemplos de problemas que sensibilizaram a opinião pública. Nasceu assim uma corrente de opinião fortemente arraigada que não considera os cientistas totalmente inocentes das aplicações perniciosas dadas a seus trabalhos. Exige-se deles uma atitude comprometida, inclusive de denúncia naqueles casos em que seu trabalho serve para objetivos bem distintos dos que os motivaram.