Durante o século V, de fato, o problema de como conciliar a natureza divina com a humana na pessoa de Cristo dividiu as duas grandes escolas teológicas. A de Antioquia, mais racionalista e realista, insistiu no aspecto humano; a de Alexandria, propensa à especulação mística, no lado divino. A disputa entre Antioquia e Alexandria sofreu a interferência das flutuações do patriarcado de Constantinopla e do imperador, que temia a fragmentação do império.

Na linha da escola de Antioquia, Nestório defendeu com tal ênfase a tese das duas naturezas de Cristo que o apresentou como duas pessoas, de onde se deduz que Maria não era mãe de Deus (theotokos). Essa doutrina foi condenada pelo Concílio de Éfeso (431). Entre os séculos V e VIII a escola de Alexandria, que impusera suas teses em Éfeso, acentuou sua posição até o ponto de defender que em Cristo só havia uma natureza, a divina (monofisistas), ou uma vontade (monoteletas). Essas doutrinas foram condenadas nos concílios de Calcedônia (451) e Latrão (649).

Movimentos religiosos populares da Idade Média. Durante a alta Idade Média, ocorreu uma série de movimentos populares que defendiam a volta à pureza e pobreza evangélicas e pretendiam a reforma do clero. Assim, no século XI surgiram em Milão os patarinos, que logo passaram das propostas de reforma à oposição ao clero, a seus ritos e aos sacramentos.

A ênfase na vinda de um messias libertador que estabeleceria o reino de justiça e paz -- que, segundo os milenaristas, duraria mil anos -- reapareceu na situação de crise social dos séculos XII e XIII. O abade Joaquim de Fiore, morto em 1202, elaborou uma teologia da história segundo a qual, depois da idade do Pai (Antigo Testamento) e da idade do Filho (a igreja), viria a do Espírito, que suprimiria a hierarquia eclesiástica.

Os valdenses, seguidores do francês Pedro Valdo e conhecidos como os "pobres de Lyon" ou "pobres de Cristo", foram censurados por dedicarem-se à pregação, uma vez que eram leigos e iletrados, e condenados por questionarem a autoridade eclesiástica, o purgatório e as indulgências. Tiveram seguidores nos "pobres da Lombardia".

A heresia de maior importância histórica da época foi a dos cátaros ou albigenses -- nome que receberam no sul da França, já que tinham seu centro na cidade de Albi. Professavam um dualismo de origem gnóstica e maniqueísta e defendiam a castidade, o jejum e o vegetarianismo. Organizaram-se em dois grupos: os fiéis e os perfeitos. Estes últimos administravam o rito do consolamentum, que incluía a imposição de mãos. A igreja tentou fazer-lhes oposição, primeiro por meio do diálogo e logo mediante a "cruzada albigense", que assolou o sul da França durante a primeira metade do século XIII, e a criação da Inquisição. As ordens mendicantes, dos dominicanos e franciscanos também se originaram do desejo de devolver os hereges ao bom caminho e dar-lhes exemplo de pobreza e humildade.

Veja também:
Primeiras Manifestações Heréticas
Precursores da Reforma
Heresia no Pensamento Contemporâneo