A alquimia foi uma atividade pré-científica que visava alcançar uma melhor compreensão do cosmo, da matéria e do homem. Em particular, através do conhecimento da natureza da matéria, os alquimistas visavam transformá-la e transmutar metais de pouco valor em ouro e prata.

Segundo os alquimistas, através de certas técnicas, que envolviam ciência, arte e religião, seria possível conseguir a transmutação de uma substância em outra. Por haverem desenvolvido e utilizado diversos procedimentos de laboratório, a alquimia foi uma atividade precursora da química, que lhe deve a descoberta de inúmeras substâncias e a invenção de grande variedade de instrumentos, que mais tarde desempenhariam papel de destaque no domínio da metodologia científica.

A teoria da transmutação baseava-se na interpretação dada pela filosofia clássica grega à composição da matéria. Na época de Aristóteles, acreditava-se que toda substância compunha-se de diferentes proporções dos quatro elementos fundamentais: água, ar, fogo e terra. A partir desse princípio, os alquimistas desenvolveram seu postulado fundamental: "A matéria é única e pode sofrer transmutações mediante a variação das proporções entre seus componentes." Os alquimistas acreditavam também na existência de uma substância capaz de provocar essa transmutação, denominada elixir (do árabe al-iksir, "pó seco") ou pedra filosofal. A essa substância eram atribuídas outras propriedades, tais como o poder curativo e de rejuvenescimento, razão pela qual recebia também o nome de "elixir da vida" ou "panacéia universal".

Entretanto, os alquimistas medievais tinham mais interesse nos poderes de transmutação da matéria atribuídos à pedra filosofal, uma vez que, se alcançada, essa técnica possibilitaria o fácil acesso à riqueza. Nicolas Flamel, tabelião e alquimista francês do século XIV, acumulou tamanha riqueza que seus contemporâneos imaginaram que ele houvesse finalmente descoberto o princípio do elixir da vida. Segundo a lenda, Flamel teria sonhado com um livro oculto, que revelava os segredos da "grande arte". O alquimista teria se dedicado à busca desse livro e, depois de encontrá-lo, o decifrara com a ajuda de um erudito judeu, conseguindo assim a transmutação de substâncias de pouco valor em ouro.

O empenho com que se dedicaram à busca do ouro fez com que alguns alquimistas obtivessem muito poder; outros, porém, foram perseguidos. Na segunda metade do século XVI e no começo do XVII, Praga transformou-se no principal centro da prática da alquimia. Os imperadores Maximiliano II e Rodolfo II deram respaldo à obra de alguns alquimistas, e este último chegou a conceder título de nobreza ao alquimista alemão Michael Maier. Menos sorte teve o inglês Edward Kelly, encarcerado por ordem do próprio Rodolfo II.

De maneira geral, o cristianismo se opôs à prática da alquimia, que considerava pagã. O próprio arcebispo de Praga foi perseguido pelo Concílio de Constance no século XV, e em 1530 foi promulgado em Veneza um decreto que condenava à morte os alquimistas. Devido a essas perseguições e a fim de manter em segredo suas descobertas, os alquimistas passaram a utilizar uma linguagem rica em símbolos e metáforas, só acessível aos iniciados. Era comum publicarem obras com pseudônimos ou atribuírem-nas a pessoas de reconhecido prestígio, como santo Alberto Magno, santo Tomás de Aquino ou Roger Bacon.

Ao lado dos alquimistas que se empenharam honestamente em alcançar a pedra filosofal, houve aqueles que recorreram a fraudes como meio de obter dinheiro, fama e poder. Não era incomum construírem caixas de fundo falso, onde o ouro era escondido, aparecendo no momento oportuno, ou branqueá-lo com mercúrio, recuperando depois seu brilho por meio de calcinação.